Secara
komersial Yakult mulai diproduksi pada tanggal 1 Januari 1991 dari pabrik di
Jl. Kiwi Pekayon Pasar Rebo Jakarta. Pada tahun 1997 lokasi pabrik di Pasar
Rebo yang berkapasitas 720.000 botol per hari dipindahkan ke Desa Pesawahan,
Cicurug, Sukabumi, Jawa Barat dan kapasitas produksi ditingkatkan menjadi
1.800.000 botol per hari.
Pada bulan Desember 2001 PT. Yakult Indonesia Persada menjadi PMA murni dengan permodalan dari Yakult Honsha Co. Ltd dan Yakult Management Service Co.Ltd di Jepang.
PT. Yakult Indonesia Persada merupakan perusahaan yang mempunyai lisensi atas nama Yakult Honsha Co., Ltd., yang berada di Jepang sejak tahun 1990. Pabrik yang memiliki luas tanah sebesar 50.000 m2 ini mulai dioperasikan pada tahun 1997 dengan jumlah kapasitas produksi sebanyak 3.300.000 botol per harinya. Yakult original pertama kali ditemukan oleh Dr. Minoru Shirota pada tahun 1930 di Kyoto Imperial University.